Mikroskop odgrywa w stomatologii niezwykle ważną rolę. Jest niemal nieoceniony szczególnie w leczeniu kanałowym. Użycie mikroskopu znacznie poszerza pole widzenia. Ułatwia to odnalezienie i wypełnienie wszystkich kanałów korzeniowych. Oprócz tego systemy endodentyczne umożliwiają cyfrowe i komputerowe mierzenie długości i anatomii kanału, co przydaje się w późniejszym leczeniu. Ponadto system ten pozwala sprawdzić, czy ząb został dobrze wyleczony, bada strukturę kości i lokalizuje wszelkie powstające zapalenia wokół wierzchołka korzenia itp.